本研究分析TIMSS 1999、2003、2007以及PISA 2006台灣男女學生在科學表現上之性別差異。所有學生依照科學表現之分數分成四個人數相等的能力群組。檢視四組學生在平均值、標準差以及人數比例上的性別差異。結果發現，雖然整體男女生在科學表現的平均值差異不大，然而，男生分數的標準差一致的高於女生。高分組與低分組平均值差異、標準差比值以及人數比例上大部分有顯著差異。在低分組，女生平均分數高於男生，在高分組，則是男生平均分數高於女生。兩組的標準差都呈現男生大於女生，而高分組男生人數明顯多於女生。TIMSS與PISA在兩性差異上的結果並不一致。八年級的兩性差異似乎比四年級稍微大些。未來研究須注意樣本能力水準並採用多元的統計量數。